নবগঠিত মাদ্রাসা অধিদপ্তর পুরোপুরি নিজের পায়ে হাঁটাতে চায়। কোনো কিছু গুছিয়ে ওঠার আগেই বেসরকারি মাদ্রাসায় জনবল নিয়োগ কমিটিতে মাদ্রাসা অধিদপ্তরের মহাপরিচালকে্র্ প্রতিনিধি মনোনয়ন দেয়া শুরু করেছ। বেসরকারি মাদ্রাসা শিক্ষকদের এপ্রিল মাসের বেতন-ভাতার সরকারি অংশও বিতরণ করেছে মাদ্রাসা অধিদপ্তর।
১৫ই মে শিক্ষা অধিদপ্তর থেকে সব ধরণের নথিপত্র বুঝে নেবেন মাদ্রাসা অধিদপ্তরের মহাপরিচালকসহ অন্যান্য কর্মকতারা।তাই ১৫ই মে’র পর মাদ্রাসা সংক্রান্ত যে কোনো বিষয়ের সিদ্ধান্ত নেবে মাদ্রাসা অধিদপ্তর। যে কোনো আবেদন জমা দিতে হবে মাদ্রাসা অধিদপ্তর। এটি রাজধানীর ইস্কাটনে অবস্থিত রেডক্রিসেন্ট বোরাক টাওয়ারে অবস্থিত।